Gresik, genbinesia.or.id — Divisi Biomika dari Generasi Biologi Indonesia bersama Fakultas Sains, Teknologi, dan Matematika (FSTeM), Universitas Brawijaya, memperkenalkan pyTax4Fun2, sebuah perangkat bioinformatika berbasis Python untuk mendukung analisis profil fungsional komunitas mikroba dari data sekuensing gen 16S rRNA.
Pengembangan pyTax4Fun2 menjadi bagian dari kolaborasi akademik dan riset yang bertujuan memperkuat ekosistem bioinformatika, mikrobiologi, dan ekologi mikroba di Indonesia. Melalui perangkat ini, data mikrobioma tidak hanya dapat digunakan untuk mengetahui komposisi taksonomi mikroba, tetapi juga dapat diperluas untuk memprediksi potensi fungsi biologis, jalur metabolik, KEGG Ortholog, redundansi fungsional, serta keanekaragaman alfa dan beta komunitas mikroba.
Dalam studi mikrobioma, analisis berbasis gen 16S rRNA selama ini banyak digunakan untuk menjawab pertanyaan “mikroba apa saja yang ada dalam suatu sampel?”. Namun, kebutuhan riset modern semakin berkembang menuju pertanyaan yang lebih fungsional, seperti “fungsi apa yang mungkin dijalankan oleh komunitas mikroba tersebut?” dan “seberapa stabil fungsi komunitas mikroba dalam suatu ekosistem?”. pyTax4Fun2 hadir untuk membantu menjembatani kebutuhan tersebut.
“pyTax4Fun2 dikembangkan untuk membantu peneliti memperoleh wawasan fungsional dari data 16S rRNA dengan pendekatan yang lebih modern, efisien, dan mudah dijalankan melalui ekosistem Python,” ujar Maulana selaku Ketua Divisi Biomika.
Satu alur kerja pyTax4Fun2 dapat mencakup beberapa tahapan penting, mulai dari ekstraksi gen 16S rRNA, prediksi gen pengkode protein, penetapan KEGG Ortholog, prediksi fungsi dari tabel OTU, analisis redundansi fungsional, analisis keanekaragaman alfa dan beta, hingga keluaran hasil yang siap digunakan untuk interpretasi ilmiah dan publikasi.
pyTax4Fun2 juga mendukung visualisasi data, seperti heatmap, boxplot, violin plot, kurva rarefaksi, ordinasi multivariat, serta jaringan korelasi. Fitur ini diharapkan dapat membantu peneliti menyajikan hasil analisis mikrobioma secara lebih informatif dan komunikatif.
Selain itu, pyTax4Fun2 mendukung analisis berbasis filogenetik, termasuk Faith’s Phylogenetic Diversity, UniFrac berbobot dan tidak berbobot, serta PD parsial dengan parameter theta. Dengan demikian, analisis tidak hanya berfokus pada kelimpahan mikroba, tetapi juga mempertimbangkan hubungan evolusioner antarorganisme.
“Kolaborasi ini menunjukkan pentingnya sinergi antara lembaga riset, komunitas ilmiah, dan perguruan tinggi dalam menghasilkan perangkat yang dapat digunakan untuk mendukung pengembangan ilmu pengetahuan di Indonesia,” tambah perwakilan Generasi Biologi Indonesia.
pyTax4Fun2 dapat digunakan dalam berbagai bidang kajian, seperti ekologi tanah, ekosistem perairan, mikrobioma, bioteknologi, penelitian dasar, serta studi komunitas bakteri pada berbagai lingkungan. Perangkat ini diharapkan dapat menjadi salah satu kontribusi Indonesia dalam pengembangan perangkat bioinformatika terbuka yang relevan bagi riset mikrobiologi dan ekologi mikroba.
pyTax4Fun2 dapat diakses melalui PyPI pada tautan berikut:
https://pypi.org/project/pyTax4Fun2cli/
